Situada dins l'antic nucli emmurallat de Castelló d'Empúries, dins dels límits del barri del puig Salner, a la plaça Mossèn Cinto Verdaguer.

L'església de Santa Maria és un dels prototipus d'església de saló o espai unitari no compartimentat, propi del gòtic català.

El conjunt de la portada es complementa amb dos pinacles, situats a banda i banda de les arquivoltes.

Dels elements mobles ubicats a l'interior cal destacar els dos sepulcres situats a l'altar major, procedents del convent de Sant Domènec de Castelló, dels comtes Ponç VI d'Empúries, dit Magaulí, i del seu germà Hug, fills del comte Pons Hug IV.

Ambdós presenten estàtues jacents a la part superior i relleus esculpits a la part frontal del sarcòfag.

En el de Magaulí es reprodueix un seguici funerari, amb un escut amb les armes d'Empúries i de Cabrera situat al bell mig.

En l'altre es representen sis personatges en posició frontal, sota d'arcs trilobulats.

També cal destacar el retaule major, d'alabastre de Beuda, atribuït a Vicenç Borràs i datat entre 1485 i 1493, tot i que sembla que ja era acabat el 1465.

Consta d'un sòcol llis i un bancal esculpit dividit en dos registres: l'inferior amb figures d'àngels que sostenen els símbols dels promotors de l'obra i el superior amb escenes de la Passió, emmarcades per dossers, alhora rematats per pinacles decorats.

En el tabernacle central hi ha tres plafons més grans amb les representacions de l'Ecce Homo, la Verge Maria i Sant Joan Evangelista.

La part superior està coronada per una sanefa de motius vegetals, damunt la qual hi ha una gran fornícula amb la imatge de la Verge Candelera, patrona de la població.

S'ha de mencionar també un pica baptismal del segle XI situada a l'extrem de la nau meridional a prop de la portalada.

És un llegat de l'antiga església romànica consagrada l'any 1064.

S'aprecia que és un sol bloc de pedra, amb dues piques enganxades, una de 1'4 m de diàmetre amb una alçada de 1'12 m; i l'altre de 0'78 m de diàmetre amb una alçada de 0'65 m.

Aquesta última no toca el sòl i era per batejar el infants, mentre que la gran era pels adults.

Una anella d'arcs llombards recorre tota la circumferència.

Les seves tapes de fusta van ser recobertes amb cuiro per ordre del bisbe Toco l'any 1573.

Un altre element a destacar és l'orgue, un instrument musical que era present a l'església des de l'edat mitjana, encara que l'actual data dels primers anys del segle XIX, vers l'any 1803.

Situat en una galeria barroca sostinguda per quatre grans pilars que emmarquen la porta principal, i decorat amb figures de sant i àngels músics.

Fou restaurat entre els any 1976-1981 pel orguener Gerhard Grenzig, encara que l'autoria s'atribueix al suís Louis Scherrer.

Consta de quatre teclats amb aproximadament 57 jocs, cadireta, orgue major, eco i recitatiu, amb pedal de 12 botons i una octava cromàtica i prop de 4500 tubs.

És digne de menció el sepulcre de Pere Bou, ardiaca i fundador de la capella de Sant Esteve, on fou enterrat a la seva mort l'any 1401.

A la paret esquerra s'hi pot veure encastat un ossari, amb figura jacent descansant sobre dos lleons i aquests damunt columnes.

Sota l'arc que el protegeix, el sarcòfag presenta un baix relleu figurant una processó mortuòria.

Per últim, l'església disposa d'un museu parroquial, conegut com "El Tresor", ubicat a la sagristia nova i a les sales annexes, on es pot trobar la valuosa col·lecció d'orfebreria religiosa que conserva La Catedral. 

El primer document que parla d'una església dedicada a Santa Maria és de l'any 1007.

Tot i que no hi ha constància d'aquest edifici, es creu que estaria ubicat al mateix lloc que l'actual temple.

L'any 1064 es consagra una segona església romànica, de la qual encara es conserven vestigis al temple actual.

La construcció de l'actual església comença en temps de Ponç Hug III (1230-1269).

Segons un protocol notarial de l'època, l'obra s'hauria iniciat el 13 de febrer de 1261, dirigida per l'arquitecte Ramon de Xartres.

Les diverses donacions i deixes testamentàries destinades a l'obra nova evidencien la continuació de la construcció del temple, amb diferents mestres d'obra com Pere de Torroella de Fluvià i Pere Tunyils, al llarg del segle XIV.

Es va consagrar la mesa de l'altar major (1315 o 1316), i durant la segona dècada, es va edificar l'absis i les dues primeres tramades de les naus, probablement.

Al final del segle ja s'havia arribat a la façana oest i, a principis del segle XV, l'estructura arquitectònica pot donar-se per acabada amb la modelació de l'obra escultòrica de la portada principal.

En aquests inicis del segle XV tenim constància de diversos mestres majors de l'obra com Joan Canellas, Antoni Antigó (1416-1429) i Miquel Llop, que substituí l'anterior.

Pel que fa a l'interior, a principis del segle XV, es van construïr els altars laterals, alguns d'ells decorats amb retaules i pintures, i el cor, així com ornaments per al culte com l'orgue.

En la visita pastoral de l'any 1437 consta l'existència de trenta-quatre altars, tot i que és un nombre superior al de les 26 capelles edificades.

Al darrer quart de segle, després de la guerra civil entre la Diputació del General i el rei Joan II (1462-72), es cisella l'altar major d'alabastre, una de les peces més significatives de l'escultura gòtica a Catalunya.

Posteriorment es procedí a l'execució de diverses actuacions com la construcció del retaule de l'altar de Sant Josep o un altre, anomenat de l'Assumpció, desaparegut durant la guerra civil espanyola, tots dos de cronologia renaixentista.

Durant el segle XVII, i tot el segle XVIII, es va anar ampliant l'estructura arquitectònica amb la construcció de dues grans capelles laterals, la de la Puríssima Sang (al costat nord) i la de la Verge dels Dolors (banda sud), així com la nova sagristia.

A més a més, l'església va augmentar el seu patrimoni amb la incorporació de retaules barrocs, un fragment dels quals, datat del 1703, encara es conserva a l'altar de Sant Pere.

A finals del segle XVIII, amb l'arribada de la Guerra Gran (1793-95), les tropes de la Convenció Francesa utilitzaren el temple com a quarter, destrossant així el cor, l'orgue, alguns altars laterals i l'escapçament d'algunes de les figures del retaule de l'altar major.

Posteriorment es construí un nou orgue, un nou cor i es reconstruïren els altars laterals, tot i que amb l'arribada de la guerra civil espanyola (1936-39), es tornaren a malmetre (destrucció total del nou cor i greus danys a l'orgue i als altars laterals). 

A partir de l'any 1963, i fins el 1977, a iniciativa de la Direcció General d'Arquitectura del govern espanyol, es portà a terme una àmplia restauració del conjunt que deixà el temple en l'estat en què es troba actualment.